Muitas pessoas acabam por pegar um vírus que oculta seus arquivos, ao abrir sua unidade removível você se depara com espaço ocupado porem nenhum arquivo .
Postarei aqui a solução para seu problema, e muito simples e rápido.No prompt de comando digite
attrib -h -r -s /s /d D:\*.*
A letra "D:" e apenas uma demostração verifique sempre qual letra o seu micro atribuiu ao sua unidade removível. Pronto seus arquivos voltarão ao normal